Oligo

Oligo官方版是款设计行业中经常使用到饿引物设计软件。Oligo正式版主要用于核酸序列引物分析设计，可同时计算核酸序列的杂交温度(Tm)和理论预测序列二级结构。并且Oligo还具备基于最近邻热力学数据，低聚糖的搜索算法寻找最佳引物PCR，包括TaqMan、高度多路复用，共识或简并引物。

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Oligo软件功能

      1、分析TM和内部稳定性，绘制溶解温度图和稳定性图

      2、给出寡核苷酸的重要相关信息

      3、显示正向引物、反向引物和当前的OLIGO里潜在的连接物，潜在的二聚物也可显示出来

      4、分析显示在选中的正向引物或反向引物中基本的成份和溶解温度

      5、精确地分析出生物信息软件中的错配位点

      6、正向引物和反向引物选中后，能自动产生PCR实验条件和PCR产物信息

Oligo软件特色

      软件的体积方面还是比较的小巧

      而且使用也简单，直观的用户界面

      可以让用户更加轻松的完成对软件的操作

      也可将本地里面的文件进行添加到软件里面进行试验

      还可将功能进行快速的操作设置

Oligo使用方法

      1、打开oligo，分别单击File——New Sequence，在打开的窗口中输入DNA序列，然后单击序列上面的勾就OK了。

      2、单击菜单栏的Search——for Primers & Probes...

      3、分别单击 Parameters 和 Ranges 设计引物的参数和范围。接下来先单击 Parameters。只需修改引物长度和Tm值的范围即可，如下方第一张图。另外因为突变位点是确定的，所以要确定下游引物的位置，如下方第二张图所示，即固定了3'端的位置(这里笔者是将突变位点处的引物作为下游引物)

      4、再单击Ranges，设计范围如下图。一般PCR产物长度250——500bp为宜。注：该突变位点在20258bp的位置。

      5、单击Search，如下方第一张图。跳出搜索结果，如下方第二张图。

      6、双击上方第二张图中搜索到的引物，跳出的窗口如下图，是该对引物的基本信息，包括上下游的位置，长度，Tm值，GC含量，分数等。

      7、单击菜单栏Edit——Reverse Primer，打开下方第一张图的界面，将3’端第三或第四位的碱基改成错配(这里是将第四位的碱基G改为A，因为这样改可以取消下游引物的发夹结构)，改好后如下方第二张图。并单击第二张图菜单栏下方的勾。