PyMol

PyMol最新版是一款开放源码软件。PyMol官方版是使用者赞助的分子三维结构显示软件。由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC将它商业化。PyMol适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像，它致力于创造让普遍的科学与教育社群都能取得的好用软件工具。

PyMol软件介绍

      软件的作者宣称，在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。PyMOL是少数可以用在结构生物学领域的开放源代码视觉化工具。软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子(英文为molecule)结构的软件。

PyMol软件特色

      PyMOL的界面主要由两个部分组成，控制窗口(Control window)和显示窗口(Viewing window)。其中控制窗口主要包括菜单栏(Pull-down menus)、操作记录窗口(Feedback window)、常用控制按钮窗口(Control Buttons)、命令窗口(Command line);显示窗口主要包括可视化窗口(Display area)、对象列表(Object menu)、鼠标模式(Mouse hints)、动画控制(Movie controls)以及命令窗口(Command line)。

PyMol软件操作

      在对象列表窗口可以看到，每个对象都有A S H L C五个按钮，这五个按钮分别表示Action、Show、Hide、Label、Color，可以对相应的对象完成一些操作。

      “A”按钮可对相应对象进行各种处理，如居中、重命名、标记、删除等等;也可以使用预设的方案展示3D结构。

      “S”按钮可设置相应对象的显示样式

      “H”按钮可隐藏相应对象的某种样式，也可以灵活的隐藏某些特定结构

      “L”按钮可对相应对象添加标签此外，可以在菜单栏点击“Setting -> Label”对标签的字体、大小、颜色等进行更改添加标签后，标签可能会被结构遮挡，此时就需要移动标签。在鼠标模式窗口，点击“Mouse Mode”后面的“3-Button Viewing”变为“3-Button Editing”，然后按住键盘“Ctrl”键不放，将鼠标移动到残基标签上方，并按下鼠标左键不放，然后拖动鼠标，就可以调整标签的位置。

      “C”按钮可对相应对象的颜色进行更改，可选择使用系统预设的配色方案，如点击“C -> by ss -> Helix Sheet Loop”使3D结构按照二级结构着色。