OVITO

OVITO最新版是一款专业实用的分子动力学模拟工具。OVITO官方版内置了强大的分析功能，可以帮助用户快速的进行各种分子动力的模拟，为研究人员提供支持。OVITO软件界面直观，操作简单，消耗内存小，满足用户的各种分子运动研究需求。

OVITO软件介绍

      OVITO是一个针对原子和粒子模拟数据的科学可视化和分析软件。它帮助科学家更好地了解材料现象和物理过程。该程序在开源许可下可在所有主要平台免费使用。作为分析、理解和说明仿真结果的有力工具，它已在越来越多的计算仿真研究中发挥作用。

OVITO软件特色

      1. 消耗内存小。相对于VESTA，VMD等软件，消耗内存小。导入大体系运行流畅。

      2. 正则表达式。正则表达式功能使得OVITO对结构的操作灵活自由。

      3. 丰富的内置函数。丰富的内置函数使其具有强大的分析功能。

OVITO使用教程

      【如何利用 OVITO找弗伦克尔缺陷】

      利用 OVITO 找弗伦克尔缺陷对需要准备两个文件：一个是结构演化前的坐标文件，一个是结构演化过程的坐标文件(这个是利用 LAMMPS 的 dump 命令进行输出)。以我上次最后给出的演化示意图的制作为例，一共用到了 OVITO 的十个功能，我在下方图中标了出来。具体操作过程如下：

      将演化过程的文件导入 OVITO 软件后，选取下图2中标注 1 处(Filecontains time series)，告诉 OVITO 该文件是个演化过程文件，随后选择下图中标注 2 处(Add modification)，这里面几乎包含了 OVITO 软件的所有功能，有兴趣的同学可以去探索一下。在图2 中标注 2 处里面找到并选取 Wigner - Seitz defect analysis (这也是 NC 文章中所提到的缺陷分析方法);

      接着点击下图 标注 5 处导入演化前的结构文件。然后会在图3 中标注 6 处发现软件告诉你找到几个空位和几个间隙子(一般情况下这两个值是相等的)，继续点击图3 中标注 7 处(播放键)，OVITO 便会自动统计演化过程中每个时刻产生的空位数目和间隙子数目。

      但是，NC 文章中的演化图中只有空位和间隙子，并不是 Fe 原子 ~，继续选取 Add modification 处，找到里面的 Expression select(图4 中标注 8 处)，选取后 OVITO 会给你一个方框，在里面填写 Occupancy==1 (这是告诉 OVITO 让它将没有离开晶格位置的 Fe 原子都选中)，然后在 2 处选择 Delete selected particles(图中标注 9 处)，让 OVITO 将这些 Fe 原子都删掉，这样就只剩下空位和间隙子了，接着再次重复一下 Expression select 这个过程，选取 Occupancy == 2 或者 0 (这是告诉 OVITO 让它将间隙子或者空位都选中)，然后在 Add modification 中找到 Assign color(图4中标注 10 处)，给选中的空位或者间隙子赋予自己喜欢的颜色，随后再次点击播放键，OVITO 将为你展示完整的缺陷演化过程。至于图2 中标注 3，4 这两个地方，一个是输出演化过程视频文件，一个是输出单张图片。

      【如何利用 OVITO 做类似 NC 文章中的位错环分析】

      由于本人重复 NC 文章级联碰撞过程使用的体系很小，所以根本形成不了位错环，因此很干脆的在 Fe 当中手动的建了一个位错环，这里再给各位安利一个建模软件，Atomsk，一款金属材料界建模利器(多晶，晶界，位错以及界面等等)，有兴趣的同学可以百度一下，以下是用 OVITO 展示了我用 Atomsk 建的一个 Fe 的位错环(导入坐标文件后直接在 Add modification 中选取 Dislocation analysis(DXA)即可)：

      可以看到 OVITO 不仅帮忙找出了位错环，而且还能帮忙指出了几个位错环，各个位错环的长度以及其伯格斯矢量(对应 NC 文章的 fig.3)。