Cytoscape

Cytoscape最新版是一款体积小巧、专业实用的生物信息分析工具。Cytoscape最新版软件功能强劲，便捷好用，Cytoscape官方版软件还能够帮助用户轻松整合模块化网络和生物科学联系网络图的绘制。

Cytoscape功能介绍

      1、支持多种分析方式，可以选择分析网络。

      2、Cytoscape软件支持分析节点的子集、批次分析、加载网络统计信息

      3、绘制参数、从统计信息生成样式

      4、使用可扩展对话框界面显示网络统计信息

      5、在节点表中存储节点参数、在边缘表中存储边缘参数

      6、明亮的颜色映射标准 ameters、暗色映射标准 ameters、中间颜色映射标准 ameters

      7、NetworkAnalyzer、Cytoscape 网络浏览器

      8、合并流程、作业状态监视器、命令行对话框、执行命令文件

      9、选定的节点、带有选项的选定节点、命令行参数

      10、Cytoscape 的快速游览、创建网络、嵌套网络

      11、支持的网络文件格式、节点和边列数据

      12、风格、应用程序管理器、命令工具、渲染引擎、导出数据

      13、Cytoscape 和 OpenCL、Cytoscape.js 和Cytoscape 自动化

Cytoscape软件特色

      Cytoscape软件使用可缩放的用户界面来导航和查看网络。ZUIs使用两种导航机制:缩放和平移。缩放根据用户想要看到的内容的多少或多少来增加或减少视图的放大

      节点和边缘列数据

      交互网络作为独立的模型是有用的。然而，当与其他信息结合在一起时，它们对于回答科学问题是最有效的。Cytoscape允许用户将任意节点、边缘和网络信息作为节点/边缘/网络数据列添加到Cytoscape中

      Cytoscape功能不是固定的。它们可以通过应用程序扩展。它们可以以各种方式扩展细Cytoscape。一个应用程序可以从在线数据库导入数据。另一个应用程序可以提供一种分析网络的新方法。你可以在安装了Cytoscape之后安装应用程序。大多数应用程序都是像你这样的Cytoscape用户开发的。

      如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道细Cytoscape应用程序被称为插件。从Cytoscape3.0开始，我们称之为应用。

Cytoscape使用说明

      一、输入文件

      支持多种输入格式，可以保存工程文件，支持多种布局的方式，支持导出图像，样式可以做丰富的调整，智能的选择过滤。

      1、 edge文件格式：

      tsv(制表符分隔的txt是一样的)，csv(逗号分隔的)，xls，xlsx文件等,一般两种tsv文件就足够我们使用了。下面就是一个典型的三列tsv格式的文件示例，第一列是原节点，第三列是目标节点，第二列是两者的相互作用关系，这里的作用关系标示了不同类型，在后面的网络设置中大家可以看到它的妙处，而这里的source与target都是数字，怎样转换为我们想看到的基因名字呢，这里也是先留一个问题，后面解释。

      2、 node属性文件

      可以导入，可以用来解决我们上面的问题，将edge文件中的数字替换成可视化的简单的基因名字。

      二、导入数据

      可以点击上面的物种名字选择一个实例来学习，也可以直接选择空的network用来导入数据，例如我选择了Arabidopsis，就出现了如下的界面，图示的是一个已经做好的网络的例子：

      用户界面

      1、 导入数据

      2、 导入属性文件

      3、 布局

      三、高级功能

      1、调整样式

      (1)基本样式

      (2)节点样式

      (3)边样式

      2、改节点名称

      3、改边的颜色

      4、调控网络各项指标统计

      得到的结果会出现在一个新的面板当中：

      5、改变节点大小

      这里需要强调很重要的一点是，在对这里的改变节点大小进行操作之前，如果是想通过节点连接的边的数量进行梯度设定的话，是必须要进行上面第四步的统计分析的，否则没有Degree选项出现：

      双击上面梯度设置的区域可以出来控制面板进行修改：

      四、选择过滤

      1、节点的选择

      2、子网络的选择与分离

      六、导出图片

      数据的导出可以是网络文件，表格文件或者是图片文件，图片文件包括多种图片格式以及pdf格式，对比图标的形态，下图所示的左侧两个是快速导入文件的图标：

      生物信息分析软件(Cytoscape) 七、表达分析

      Cytoscape还可以导入基因的表达值，将不同的表达值进行颜色的梯度展示，由于我的分析没有这部分数据所以将网络上学到的图片做了几个截图：

      八、其它

      Cytoscape提供了很多外接的数据库，右键点击相应节点，出现的选项里面选择externallinks，里面有以下所示连接的数据库：

      此外，基于大量功能强大的插件的开发，以下的功能也很全面：

      GO分析：BiNGO

      Pathway分析：CytoKegg、KEGGscape等

      模块与复合物分析：jActiveModules+BiNGO